El Monasterio de Suso fue construido durante los siglos VI al XI, aquí escribió Gonzalo de Berceo, en el s. XIII, los primeros poemas en lengua española. En el podemos ver en la galería el sepulcro de Nuño Salido junto al de Los Infantes de Lara.
Las cuevas son la parte más antigua del monasterio. En ellas se pueden ver sepulcros apiñados y superpuestos de personajes sin identificar, que debieron ser ilustres por la proximidad al sepulcro del santo. En el s. VI, en esta cueva hacía sus penitencias cuaresmales San Millán.
Año 923: resurge el monasterio después de la conquista de Nájera por Sancho III el Mayor, rey de Pamplona, y lo habitan monjes mozárabes. En un arco de herradura mozárabe que da a la entrada a la iglesia hay dos capitales visigóticos de tipo corintio. Mozárabes del siglo X son también las dos capillas cuadradas y gemelas del interior.
En la cueva central, que en los primeros tiempos sirvió de oratorio, estuvo enterrado San Millán hasta el año 1030 en el que Sancho III el Mayor y su mujer Muniadonna, con asistencia de los obispos de Pamplona, de Oca, de Alava y de Huesca, hicieron levantamiento solemne de las reliquias.
En el lugar de la sepultura se levantó, en el s. XII, el actual cenotafio (monumento funerario en el que no está el cadáver de la persona a quien se dedica), que representa a San Millán yacente con ropas sacerdotales visigóticas. El estilo de este monumento puede estar entre un románico avanzado y un gótico temprano.
En el año 964 se escribió en San Millán de la Cogolla el Códice Emilianense 46, primer diccionario enciclopédico de la Península Ibérica. La reciente investigación de este códice ha dado como resultado el descubrimiento de numerosas palabras escritas en romance. Esto supone una revisión histórica de la datación de los primeros textos escritos en español y confirma a San Millán como el escritorio altomedieval más original y productivo.
